Sulle fiancate della chiesa, una serie di mensole, interessantissime per la varietà e la delicatezza dei motivi, assolve la funzione di sostenere la cornice, nella quale si raccolgono e scorrono le acque piovane del tetto. Numerosi archetti, divisi in serie di tre ciascuna da lesene, con quattro monofore, denunciano un motivo dominante nell’architettura romanica. Sul retro della chiesa si osservano le tre absidi, costruite con lo sviluppo della chiesa primitiva, che era di forma quadrata, come ordinariamente erano le chiese bizantine, di cui qui c’è traccia per i disegni geometrici di un frammento dell’architrave. L’abside centrale è decorata da mostri sporgenti a corona, realizzati sotto i cavalieri Teutonici, che simboleggiano i demoni fuori del tempio. All’interno quattro pilastri centrali cruciformi, che riprendono i pilastri del portico degli Ognissanti a Trani, scandiscono tre navate. Di queste si distingue la navata destra, che, infatti, non esisteva in origine e fu aggiunta in seguito (sotto i Teutonici), addossandola all’ex-muro esterno, oggi muro interno alla chiesa. Alcuni affreschi e scudi crociati teutonici riportano alla metà del Duecento. Nella volta centrale troviamo un piccolo rosone. Tutti gli altri che vi erano precedentemente, dando al tempio un aspetto confuso e disarmonico furono rimossi durante i restauri barocchi. Una lapide all’interno, sulla porta centrale, ricorda la data di riapertura al culto (1950), dopo più di un secolo di totale abbandono. Opera pregevolissima è il grande Crocifisso ligneo del Duecento, alto due metri e mezzo circa, restaurato per interessamento della Soprintendenza ai Monumenti e alle Gallerie della Puglia e custodito nella Cattedrale di Manfredonia.