Nella valle di Stignano che è la porta ideale del Gargano dalla parte occidentale, passava una delle diramazioni della strada medioevale detta via Francigena, o Francisca o Francesca, la via che attraversava tutta l’Europa per giungere a Roma e poi ai porti pugliesi per imbarcarsi verso la Terra Santa e che in provincia di Foggia aveva delle varianti per raggiungere il santuario garganico di San Michele. In questa valle sono stati individuati circa 20 eremitaggi tra grandi e piccoli, tra quelli in grotta, in muratura e in struttura mista (grotta e muratura). Eremi che hanno tipologie costruttive diverse, ma tutte che sono completamente diverse dalle tipiche costruzioni rurali dei garganici. Nel 1587 il Gonzaga notava: «questo luogo solitario e boscoso, adatto alla contemplazione, dai devoti circonvicini è molto stimato per i frequenti miracoli che lì avvengono per un’immagine della gloriosissima Vergine». L’Eremo è uno dei più antichi luoghi dello spirito edificati lungo l’antica via d’accesso che dalla Valle di Stignano portava al Santuario garganico di San Michele. La costruzione dell’eremo potrebbe risalire all’XIII secolo, probabilmente sotto il pontificato di papa Alessandro IV (il pontefice che riformò gli Eremitani di Sant’Agostino nel 1256). Presso l’eremo di Sant’Agostino nella valle di Stignano ci sono state per un certo periodo anche delle suore recluse ma non abbiamo altre notizie, questo si sa solo perché un eremita (fra Lucchicino), che viveva nel vicino eremo di Sant’Onofrio, per scappare da una terribile bestia si era andato a rifugiare nell’eremo di sant’Agostino abitato da vergini recluse. Con la soppressione della Dogana della Mena delle pecore e l’alienazione dei terreni di proprietà statale all’inizio dell‘800 e la proprietà dell’eremo e dei terreni adiacenti passò al Demanio e fu acquisito e poi acquistato dalla famiglia Centola di San Marco in Lamis, che realizzò altre piccole opere edilizie.